印章の起源は、中東の紀元前７０００年から６０００年頃の遺跡から発掘されており、紀元前５０００年頃に古代メソポタミアで使われるようになったといわれている。

最初は粘土板や封泥の上に押すスタンプ形のものだったが、粘土板の上で転がす円筒形の印章が登場し、認証道具として用いられていたと考えられている。

日本では西暦５７年頃に中国から日本に送られたとされる「漢委奴国王」の金印が最古のものといわれている。

日本で印章が使用されるようになったのは、大化の改新の後、律令制となってからとされる。しかし律令制となり、公文書に公印が押されるようになったものの、次第にそれは簡略化され、花押に取って代わられ、文書に押印するのが慣例化するのは近世以降となってからである。

江戸時代には行政上の書類や私文書にも印を押す習慣が広まり、印鑑帳が作られた。その後、明治時代に欧米諸国の署名制度を導入しようとの試みがなされたが、事務の煩雑を避けるために自署の代わりに記名押印とする制度が確立すると共に、印鑑登録制度が市町村の事務となった。